粪菌移植是否可以治疗自闭症，目前还没有科学的定论。
粪菌移植是指将健康人粪便中的功能菌群，移植到患者胃肠道内，重建新的肠道菌群。部分学者认为肠道菌群失调、食物不耐受等因素，可能会影响自闭症患儿的症状与表现，粪便中的部分细菌可以合成5-羟色胺，调解人的情绪，从而缓解自闭症的症状。但是，这种治疗方法仍需进行科学验证，如果想要用粪菌移植治疗自闭症，还需慎重考虑。
目前常用的治疗自闭症的方法有药物治疗和心理治疗两种。现有药物并无针对自闭症的特效药，主要是用于治疗焦虑、抑郁或强迫性精神障碍的抗精神病药物，包括利培酮、阿立哌唑、哌甲酯、托莫西汀、舍曲林、氯米帕明等。心理治疗主要是行为治疗，目标是强化已经形成的良好行为，矫正影响到接受教育和训练、社会交往或危害自身安全的异常行为，比如刻板行为、攻击性行为、自伤或自残行为等。
