侵袭性牙周炎没有有效的特效药。

通常导致牙周疾病的病因是牙菌斑，而牙菌斑是细菌和细菌结合所形成的生物膜。临床上的药物对单个细菌，可能有一定的治疗作用，但当细菌形成牙菌斑后，其药物作用就会相对降低。临床研究表明，当单个细菌形成牙菌斑后，其耐药性会上升1000到1500倍，导致药物对牙菌斑的作用较为有限，所以，治疗牙周炎没有特效药。

但对于侵袭性牙周炎，特别是重度牙周炎，可在进行牙周基础治疗，或者机械治疗后，配合使用一定的药物治疗，比如青霉素类药物（比如阿莫西林等）、头孢类药物、抗厌氧菌药物（比如甲硝唑等），以获得较好的治疗效果。需要注意的是，药物治疗的前提，是先进行基础治疗，即通过机械的方法破坏细菌形成的生物膜。

在牙周治疗的过程中，药物治疗仅是一种辅助手段，单纯依靠药物治疗并不能治好牙周炎。有时部分患者的症状通过药物治疗，得到了有效缓解，使得患者认为牙周炎被治好，但实际上，药物治疗仅能将牙周炎的症状潜伏，而不能有效控制疾病发展，导致牙周出现隐匿破坏，最终会导致牙齿丧失，或者发展成重度牙周炎。