在临床上，可根据临床表现、临床检查等方法来诊断牙龈瘘管。

1、临床表现：牙龈瘘管可有时肿时消的临床表现，即在临床问诊时，患者会描述牙龈上出现了脓疱，挤破后脓疱会消失，但一段时间后脓疱又会出现，患者的此种描述，与牙龈瘘管作为排脓通道的特点相符合。

2、临床检查：如果想要诊断牙龈瘘管，首先需要选用一根较粗的牙胶尖（是一种根管充填材料），沿着瘘管方向将牙胶尖插进瘘管，直至遇到阻力后停止插入，然后进行相应的X线检查。通常牙胶尖可在X线片上显影，如果牙胶尖指向根尖，则多半是由于牙髓疾病导致的牙龈瘘管；如果牙胶尖指向牙根侧方，而没有指向根尖，则多半是由于牙周疾病导致了牙周袋的形成。在临床上，此方法是检查牙龈瘘管的最有效方法。

需要注意的是，角化囊肿也会导致牙龈瘘管，如果X线检查结果显示牙胶尖既没有指向根尖，也没有指向根侧，而是会远超过根尖，则可怀疑是否存在角化囊肿。在临床上，为了诊断角化囊肿，不仅需要进行根尖的X线检查，还需要进行龋面断层检查，以观察整个颌骨的情况，如果检查发现牙槽骨内存在占位性角化囊肿，则有助于明确诊断角化囊肿。