根尖囊肿是不能自愈的。

根尖囊肿是慢性根尖周炎的一种表现，主要是由于牙髓炎症进一步扩散到根尖周组织所导致的。如果没有彻底去除病因，即去除牙髓或者根管系统内的感染，感染会持续刺激根尖周组织，就会导致根尖囊肿迁延不愈，甚至会导致病变范围扩大。

如果根尖囊肿不进行治疗，病变范围会逐渐扩大，就会压迫周围牙槽骨，造成更多的骨组织吸收，增加后续治疗的难度，甚至会影响治疗效果。当牙槽骨破坏到一定程度时，还可能会累及邻牙，导致邻牙松动、倾斜、移位或者疼痛，甚至还可能会影响周围重要的组织器官和解剖结构，如上颌窦、鼻底、下牙槽神经管等。