生理性卵巢囊肿是可以自愈的；病理性卵巢囊肿一般不会自愈。

1、生理性卵巢囊肿。在一次月经周期中，开始会有一个小卵泡生长，成熟后会发生排卵，排卵后卵泡可逐渐分化成黄体；若卵子未受精，黄体在排卵后9~10日开始退化、萎缩。如果黄体未能正常萎缩，甚至逐渐增大，则可形成生理性囊肿。通常生理性囊肿建议先暂时观察，一般在三个月左右会自行消退。

2、病理性卵巢囊肿。例如输卵管系膜囊肿、卵巢子宫内膜异位囊肿、畸胎瘤以及各种恶性卵巢肿瘤等，基本上不会自愈，需要在明确诊断后积极进行治疗。