多数卵巢囊肿无法预防，但有部分卵巢囊肿通过相关措施可降低其发生风险。

1、病理性囊肿。绝大部分恶性囊肿和部分良性囊肿，如畸胎瘤、输卵管系膜囊肿、单纯囊肿、子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿）等，都无法预防。其中子宫内膜异位囊肿的发生大多与遗传和身体素质有关，虽然不能预防，但注意经期自我保护，例如，月经期尽量减少剧烈运动或类似倒立的运动，以防经血逆流进入腹腔；少吃生冷食物；加强腹部保温等，有助于减少子宫内膜异位囊肿的发生。

2、生理性囊肿。这类囊肿的形成与正常月经周期有关 ，一般不会危害机体健康，因此无需特殊预防。建议患者放松心态，在医生的指导下定期复查，一般观察2~3个月经周期后，绝大部分可自行消退。