新生儿脓毒症主要是由于免疫功能发育尚不成熟导致的。

新生儿的特异性免疫功能和非特异性免疫功能发育尚不成熟，如皮肤、黏膜保护屏障发育不全，以及细胞免疫、体液免疫发育不成熟等，且免疫细胞无论在数量上还是功能上都明显低于成人。因此，相比成人来说，新生儿对外界病原的入侵防御功能比较差，就比较容易发生各种感染。如果新生儿发生感染后不及时进行治疗，就容易导致病原体侵入机体血液循环，引起血液感染，且病原体会在血液循环中生长、繁殖、产生毒素，从而引起脓毒症。