新生儿肺动脉高压的治疗目的是降低肺血管阻力、维持体循环血压、纠正右向左分流和改善氧合。

1、积极治疗原发病，如肺炎、胎粪吸入综合征、心功能不全等，同时还需要进行支持治疗，如给予最佳环境温度和营养支持等，必要时要进行镇静、止痛治疗。呼吸支持的目的是维持适宜的肺内容量、血氧饱和度。

2、维持正常的体循环压力，如使用血管扩张剂（一氧化氮吸入、西地那非口服、米力农静点）等，降低肺动脉压力。

3、如果上述治疗的效果比较差，可以应用ECMO（体外膜肺氧合）。