虽然新生儿肺动脉高压的病情一般比较严重，病死率也比较高，但大部分患儿的治疗效果还是比较好的，部分患儿可能会存在后遗症，尤其早产儿，其出现惊厥、发育落后等后遗症的几率要比足月儿大。

肺动脉高压的患儿会有严重的顽固性低氧血症，就可能会导致肺血管阻力增加，心脏负荷增加，还可能会导致颅内出血、多器官功能障碍。部分患儿可能会出现支气管肺发育不良、肺功能障碍、脑室周围白质软化，就容易反复发生肺炎、喘息；也可能会出现运动、行为发育异常。严重者可能会发生死亡。长期肺动脉高压可能会导致心脏负荷增加，进而造成心力衰竭。