小儿肛瘘有一定的自愈率。

小儿肛瘘可能和排便习惯、肛门局部卫生等有关。因此，肛瘘患儿的家长要调节患儿的饮食，使其大便干稀程度适中，以确保患儿可以及时排便。其次，家长还要保持患儿肛门局部卫生，排便后及时清洗肛门，也可使用高锰酸钾溶液坐浴，必要时还需要使用抗生素进行治疗愈。

如果是由于特殊原因引起的肛瘘，或者是经保守治疗无效的肛瘘，患儿还需要进行相关检查，判断是否需要进行手术治疗。小儿肛瘘的手术治疗方式主要包括瘘管切开术和挂线疗法。小儿肛瘘多是单纯性肛瘘，瘘管比较表浅、垂直，可以选择瘘管切开术进行治疗。但如果是高位肛瘘或者复杂性肛瘘，就需要选择挂线疗法进行治疗，其治愈率相对比较高。