根管治疗是针对牙髓炎、根尖周炎最彻底的治疗方式，它本身并没有什么危害，但在治疗过程中可能会出现一些并发症。
1、在根管治疗的过程当中，医生所使用的器械或者药物会对牙根周围的组织产生刺激而导致疼痛。这属于正常现象，一般无需进行特殊处理，通常2~7天疼痛就可以自行消失。在此期间，患者应注意避免使用患牙咀嚼，以免加重疼痛。
2、如果根管治疗不彻底，牙髓清理不干净，可能会诱发残髓炎。这类患者需要重新进行根管治疗，将残存的牙髓清理干净。
3、如果根管治疗时操作不当，可能会导致根管侧穿或者髓室底穿孔。这类患者可能需要拔出患牙，然后根据情况进行种牙或者安装义齿（假牙）。