上颌窦癌的发病机制尚不明确。通常肿瘤的发生，是一个多因素综合作用的结果。

随着时代的发展，诸多的不良生活习惯，如休息不充足，有吸烟、饮酒、咀嚼槟榔等饮食习惯，以及精神状态不佳、长期处于高压状态、环境污染、人体免疫力下降、基因突变等因素，都可能会导致人体的正常组织突变成为生长无限制进行的肿瘤细胞。当此种突变发生在上颌窦时，这就会形成上颌窦的恶性肿瘤，即上颌窦癌。