鳃裂囊肿的病因相对较为明确，通常是由于先天性因素导致的。

鳃弓是人类胚胎发育过程中，其头颈部的一个基本结构。如果鳃弓在发育过程中出现残余，即在人体内遗留部分发育不完全的鳃弓组织，则可能会导致鳃裂囊肿的发生。

值得注意的是，虽然鳃裂囊肿具有一定的先天性，但该病并不是一出生就存在的，而是随着年龄的增长，残余的鳃裂组织逐步发展，最终形成了囊肿。