舌下腺囊肿通常是由创伤所导致的。

口腔是进食的重要器官，如果食物柔软，可能无需咀嚼就可直接吞咽；但如果食物较硬，则可能会在咀嚼后形成较锐利的边缘，扎伤口腔黏膜或者舌下腺的腺体。而舌下腺是分泌唾液的器官，一旦舌下腺被异物扎破，则可能会导致舌下腺所分泌的唾液，溢出到舌下腺腺体之外，当溢出的液体积聚时，就可能会导致舌下腺囊肿形成。