新生儿化脓性脑膜炎的临床表现非常不典型，且没有特异性，和儿童、成人的临床表现具有非常大的区别。

新生儿的囟门和骨缝是没有闭合的，患儿就比较容易出现呕吐、前囟隆起或者饱满等颅内压增高的表现，但一般不明显，甚至在疾病晚期才会出现。患儿还可能会出现嗜睡、烦躁、易激惹、突然尖叫、双眼呆滞、眼球上翻、斜视、反应比较低下、哭声弱、精神萎靡、纳奶差，以及体温异常，如体温低下或者发热。如果病情比较严重，患儿可能会出现惊厥，以及黄疸、皮肤瘀点或者瘀斑、肝脾肿大等败血症的表现。