新生儿化脓性脑膜炎可能会存在后遗症，主要和患儿的机体状况、治疗时间、病原菌类型，以及病原菌对抗菌药物的反应情况、有无并发症等有关。

1、当新生儿发生化脓性脑膜炎时，炎症最初累及的部位是脑膜。但部分细菌可以通过脑脊液进入脑室，引起脑室管膜炎，甚至还可能会侵犯脑实质，导致脑实质充血、坏死。如果神经细胞发生坏死，就无法再生，患儿就可能会出现相应部位的后遗症，如运动障碍、智力障碍、听力异常等。

2、当化脓性脑膜炎波及脑血管时，就可能会继发血栓性静脉炎，导致梗阻性脑积水，对脑实质造成压迫，影响局部脑功能，进而出现相应的后遗症，如行为异常、社交障碍、语言障碍等。