怎么判断是不是胃肠功能紊乱（功能性胃肠病），对于患者来说存在一定的困难，因为这些不适症状是患者的体验，很多的症状患者无法判断是功能性还是器质性。
对于医生来说，患者出现不适时，首先完善常规的初步筛查，比如血常规、大便常规加潜血等，明确是否有贫血或便血，若便潜血阳性，则需进一步完善内镜检查。通常，当患者存在上腹痛、反酸、烧心、胸骨后疼痛等症状时，需完善胃镜检查；若存在大便潜血阳性、腹泻、便秘或者下腹疼痛，则需完善结肠镜检查。当初步筛查没有发现问题时，则考虑是胃肠功能紊乱。
需要注意的是，患者需要注意贫血、呕血、黑便或不明原因的体重下降等报警征象，当出现上述报警征象或存在胃肠道肿瘤方面的家族史时，则需要进一步完善相关检查 ，排除器质性的问题，不能简简单单的认为是胃肠功能紊乱。
