胃肠功能紊乱的治疗主要包括认知治疗、改善生活方式以及药物治疗。
1、认知治疗：建立良好的医患关系，加强宣教以及检查结果的解读，提高患者对于此类疾病的认知，以助于提高患者的治疗反应。
2、改变生活方式：导致胃肠功能紊乱的原因非常复杂，其中最重要的是情绪以及生活节奏、压力的影响，因此，患者需要注意自我调整，必要时使用一些药物进行治疗。此外，饮食结构和习惯也会影响患者的胃肠功能，需要注意改变不良的饮食结构以及习惯。
3、药物治疗：尽量明确病变部位，并根据患者的具体情况予以针对性的药物治疗。如果是食管的症状，可以使用针对食管的抑酸药、促动力药物等；如果是胃的症状，可以使用抑酸、保护胃黏膜以及促动力的药物等；如果表现为腹泻，可以对症治疗腹泻；如果是便秘，则需要使用治疗便秘的药物。
