幽门螺旋杆菌（幽门螺杆菌）通常是通过三联或四联疗法进行治疗。这是由于幽门螺杆菌定植于胃中，而胃中是酸性环境，因此在进行抗生素治疗时，需要提高胃内的酸碱度，即将胃内的酸度控制下来，使药物能很好的发挥作用。
1、三联疗法：一种质子泵抑制剂（如奥美拉唑、雷贝拉唑、兰索拉唑等）+两种抗生素（如阿莫西林、四环素、呋喃唑酮、克拉霉素、甲硝唑、左氧氟沙星等）。
2、四联疗法：一种质子泵抑制剂（如奥美拉唑、雷贝拉唑、兰索拉唑等）+一种铋剂（如枸橼酸铋钾、胶体果胶铋等）+两种抗生素（如阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑、左氧氟沙星等）。需注意，如果治疗效果不佳或是重复治疗，也可以选用四环素、呋喃唑酮、米诺环素等耐药率较低的抗生素。
需要强调的是，随着机体与细菌的斗争，细菌也产生了一定的耐药性。因此，目前临床上常用四联疗法进行治疗，并且疗程也从原来的7天增加到14天。在经过两周服药之后，从感染的角度来说，就可以不用继续服药了，但如果有其他的症状，仍需对症治疗。而若要判断是否根治，通常需要在停止服药至少一个月以后，复查呼气试验、粪便幽门螺杆菌抗原检测等检查，以防出现假阴性结果。
