舌根癌属于口腔癌或者口咽癌的范围，而此部分恶性肿瘤的具体病因并不明确。但总体来说，舌根癌与口腔癌和口咽癌相似，都被认为是多因素综合作用所导致的，包括基因改变、物理因素、化学因素以及精神压力因素等；此外，人乳头瘤病毒（HPV）的感染也可能和舌根癌的发生有一定关系，因为部分舌根癌的标本检测发现HPV呈阳性。

舌根癌与口腔癌的病因尽管大体相同，但由于舌根癌的位置在解剖结构上相对来说比较深，所以二者的病因仍有不同之处。首先，口腔癌的发生往往与吸烟、饮酒、嚼槟榔等因素密切相关，而舌根癌的发生与这些因素虽然也有一定相关性，但相关性的程度不如口腔癌。其次，舌根癌受到物理、化学等因素影响的程度也不如口腔癌。