牙源性角化囊肿主要是通过手术来进行治疗。

牙源性角化囊肿内包含有角化物，如果对囊肿不进行手术处理，囊肿可能会持续变大，从而使颌骨出现膨隆。此外，在牙齿周围的囊肿持续变大后，也可能会导致牙齿的松动和移位，而一旦牙齿发生了松动和移位，就可能会使上下颌牙齿之间相对应的咬合关系不正常，进而影响到口腔的咀嚼和进食功能。

牙源性角化囊肿没有保守治疗方法，即没有药物可以使囊肿缩小或消失，所以手术治疗是治疗牙源性角化囊肿的有效方法。因此，一旦发现牙源性角化囊肿，应及时到综合医院的口腔科或专科医院的口腔颌面外科就医诊治。