归脾丸和健脾丸的区别在于，二者作用功效的侧重点不一样。健脾丸以健脾为主，没有养血安神的功效；而归脾丸除了有补气健脾的功效，还有养血安神的功效。
归脾丸和健脾丸的共同点在于二者均有补气养血的功效，其不同点在于，归脾丸中除了应用黄芪这种健脾的药物外，还应用了当归、龙眼肉、远志、酸枣仁等具有养血安神功效的药物，所以，归脾丸既能健脾，又能养血安神；而健脾丸中应用了枳实、陈皮、麦芽、山楂等具有理气消食功效的药物，主要治疗脾虚食积的实证。
综上所述，二者存在明显的区别。当患者脾虚食积时，出现消化不良的症状，则以健脾丸为主；当患者脾虚、气血不足时，则用归脾丸较为合适。
