由于组成归脾丸的药物的药性较为平和，没有过度苦寒、泄泻、比较刺激的药物，因此，其副作用较少，主要包括以下两方面：
1、由于每个人的情况不一样，部分患者服用任何药物都会出现胃部不适、消化不良、腹胀等症状；部分过度敏感的患者可能会在服药后出现皮疹、轻微腹泻等症状。一般来说，这些症状会随着患者的停药或者继续用药，而逐渐自行消失。
2、由于归脾丸是一种补药，具有补气、健脾、养血的功效。如果是热性患者，如高血压、糖尿病的患者，在服用归脾丸后，可能会出现上火的情况。这是因为，虽然患者存在气虚，但是又同时存在热，此时应用归脾丸就可能会出现上火的情况。在这一点上，患者需注意一定在专业医生指导下应用本药。