先天性马蹄内翻足的病因目前尚无定论，有多种学说，包括遗传基因学说、宫内感染学说以及胎位因素等。

1、遗传基因学说。临床上在进行马蹄内翻足的遗传基因检测时，曾发现存在基因异常的情况，但目前还不能完全确定。

2、宫内感染学说。部分专家认为，妈妈怀孕期间的宫内感染可能会导致出现足部畸形。

3、胎位因素。如胎儿的足部在子宫内的体位异常，或者不正常的胎位造成的宫内受压等，都可能会造成马蹄内翻足的出现。

4、其他。如胎儿先天的关节挛缩，或者先天足部发育异常等原因都可以造成先天性马蹄内翻足。

需要注意的是，先天性马蹄内翻足的病因较多，无论由何种原因而致，临床上应尽量早期明确诊断，早期进行治疗，以求获得较好的预后。