下颌骨重建手术是会有后遗症的，常见的后遗症主要是对取骨部位的影响以及手术瘢痕的形成。

1、对取骨部位的影响。下颌骨重建手术是从全身其他部位取骨来修复和重建下颌骨的缺损，临床上常用的是腓骨或者髂骨，在取骨后会在一定程度上影响患者下肢以及骨盆的运动功能，但是通常这种影响比较轻微。

2、手术瘢痕。下颌骨重建术属于颌面部手术，而部分患者属于瘢痕体质，术后会遗留手术的瘢痕，影响面部外形。但是随着数字技术的发展，一般医生会在恢复面部外形的同时，尽可能的减少颌面部手术的瘢痕。