根尖肉芽肿首选的治疗方法是根管治疗，必要时还需要进行根尖手术。
一般来说，机体对抗外来感染源的局部防御反应，只存在于有血运的根尖周围结缔组织中，而不能清除根管内的感染病原物，所以为了彻底控制感染来源，首选的治疗方法是根管治疗。
根管治疗通常是通过完善的机械预备和化学预备，以达到较好的清创效果，然后再通过根管充填和冠部修复，形成完好的封闭，避免病原刺激物通过根管途径再次感染根尖周组织，从而导致根尖周炎症反复迁延不愈。
但对于病变范围较大的根尖肉芽肿，需要在根管治疗的基础上进行根尖手术，即从根尖方向控制感染的一种外科手术治疗。
