在临床上，根管治疗一般需要2～3次，每次治疗大概需要间隔1～2周。此外，少数牙髓没有感染的患牙，可以一次性完成根管治疗。
一般来说，在进行第一次治疗时，需要彻底清除牙冠部的感染，并对牙髓腔和根管进行进一步清理，然后将其预备成一定的形状，最后在根管内封入消毒药物，并用临时材料充填。由于消毒药物的有效作用时间一般是1～2周，所以通常1～2周后，需要进行第二次治疗。
在进行第二次治疗时，如果患牙没有明显的不适症状，且临床检查也没有异常情况，就可以进行根管永久性充填和封闭，从而完成根管治疗。但如果患牙仍有不适症状，或者检查时仍有叩痛或者牙龈明显肿胀等症状，就需要进一步加强根管内的消毒，待症状完全消除后，再进行充填。