根管填充后咬合疼几天会消失，主要取决于具体原因。

1、在进行根管充填时，根管充填的药液、制剂等，可能会对根尖周组织造成轻微刺激，部分患者可能会出现咬合酸痛、胀痛等不适症状，一般在1～2周后就会自行缓解。当症状逐渐缓解时，通常不需要进行其他处理。

2、部分患者在完成根管治疗后，还需要进行冠部修复，如果冠部修复体存在咬合高点或者咬合创伤时，也可能会引起咬合酸痛等不适症状，此时就需要进行修复体咬合调整和咬合检查，使其恢复正常的咬合关系。当调整咬合后，咬合酸痛等不适症状就可以得到有效缓解。