含牙囊肿是发生于颌骨内，与牙齿相关的囊性病变，而这种囊肿不能通过药物来治疗，所以含牙囊肿一定要通过手术来治疗。但是，具体的手术方法，主要与含牙囊肿的大小等情况有关。
1、如果含牙囊肿不是很大，则医生通常会采取囊肿刮治术。也就是说，医生会在患者的口腔内做手术的切口，然后暴露囊肿的病变部位，最后将囊壁以及囊肿之内的牙齿一并清除。一般情况下，在彻底的刮治囊肿后，便可以得到很好的治疗效果。
2、如果是特别大的含牙囊肿，由于囊性肿物所占据颌骨的体积，可能非常大，所以如果对其进行囊肿刮治术，可能导致颌骨不能承受正常的力量，从而出现折断（病理性骨折）的情况。因此，临床上，医生会先采取小型的手术，使囊肿与口腔相通，随着时间的发展，囊肿内的压力可能与大气压保持平衡，从而越来越小。待囊肿缩小到一定的程度后，医生会通过囊肿刮治术，来达到彻底去除囊肿的效果。