肠系膜囊肿手术有一定的风险，但其风险大小存在一定的差异，主要与肠系膜囊肿的类型、发病部位、累及肠系膜血管的程度有关。

1、如果肠系膜囊肿体积较小，且累及肠系膜血管较少，可考虑进行腹腔镜手术。该术式属于微创手术，如果能将囊肿完整切除，则手术风险较低。

2、如果肠系膜囊肿累及肠道，形成梗阻、出血，则存在一定的手术风险。此类患者一般需要做肠切除及吻合手术，术后可能出现吻合口瘘、吻合口狭窄或出血等并发症。

3、如果肠系膜囊肿累及血管根部，则手术的风险比较高。因为肠系膜的血管，尤其是根部血管一旦损伤，可能影响整个肠道的血运，但血运受影响的肠道又不可过多切除，以免造成短肠综合征。由于肠道（特别是小肠）为营养吸收的主要器官，一旦形成短肠综合征，则可影响人体的营养吸收，从而造成严重后果。

综上，肠系膜囊肿大多为良性，而且体积不大，手术风险相对较低；但少数囊肿可能累及血管系膜根部，则手术风险较大，建议患者及时去正规医院普通外科或肛肠外科诊治，由专业医生进行评估。