肠系膜淋巴结炎主要是由感染导致的，大部分是病毒感染，小部分是细菌感染和支原体感染，也有很小部分是寄生虫感染。病毒感染中，最常见的是柯萨奇病毒B型感染。
临床上，许多肠系膜淋巴结炎的患者，在肠系膜淋巴结炎出现一周以前，都发生过上呼吸道感染。发生上呼吸道感染后，病原体可能会通过血液播散到肠系膜的淋巴结，引起肠系膜淋巴结炎，使淋巴结增生、肿大。肠系膜淋巴结炎最常发生于右下腹，原因在于右下腹是回肠和盲肠的交接处，此处淋巴结非常丰富，相对更容易受到病原体波及。
需注意，肠系膜淋巴结炎好发于7岁以下的儿童，但部分青少年和成人也有可能会发病。
