萎缩性胃炎的治疗主要包括以下两个方面：

1、幽门螺旋杆菌是萎缩性胃炎最常见的致病因素。若萎缩性胃炎是由于门螺旋杆菌感染导致的，可选用四联疗法，即联合应用拉唑类抑酸药物、铋剂以及两种抗生素（可根据不同情况选用阿莫西林、克拉霉素、四环素、呋喃唑酮或左氧氟沙星等任意两种）。

2、若萎缩性胃炎不是由于幽门螺旋杆菌感染导致的，如自身免疫性萎缩性胃炎，可以通过适量补充维生素以及服用中药等方法，控制疾病发展，预防并发症。若存在维生素B₁₂吸收障碍，可适当补充维生素B₁₂，防止出现相关病变。

此外，若患者出现高级别上皮内瘤变，可按照早期胃黏膜病变进行处理，以获得良好的治疗效果。