牙髓腔穿孔分为病理性牙髓穿孔和医源性牙髓穿孔，其原因各不相同。

1、病理性牙髓腔穿孔主要是由于牙内吸收、牙外吸收或者严重龋病造成的。牙体硬组织逐渐吸收变薄，严重时就可能会形成穿孔，使髓腔与根周膜接触。髓室底的穿孔也可能是由于严重龋坏引起的。

2、医源性牙髓腔穿孔主要和牙齿的解剖特点、医生的操作经验等有关，主要是发生在解剖形态比较复杂或者特殊的牙齿，比如牙髓腔大面积甚至完全钙化，医生很难通过手感和X线检查找到进入根管的正确通路，在开髓时就可能控制不好方向和深度，从而造成根管壁或者髓底穿孔。在比较狭窄、阻塞或者弯曲的根管中，器械进入的方向可能会和实际不吻合，就会导致根管内穿孔。