发生牙髓腔穿孔后，如果检查器械碰触到穿孔部位，患者可能会出现疼痛、咬合不适等症状。新发生穿孔的部位会有出血和探痛，进入髓腔或者根管的药物可能会外泄，而且在根管治疗确定工作长度时，也会出现异常。

牙髓腔穿孔发生较长一段时间后，可能会引起穿孔附近的牙槽骨局限性吸收，出现局部的深牙周袋或者根分叉病变。部分髓室底穿孔的患者，还可以出现增生的息肉。从穿孔处进入髓腔，通过插诊断丝或者阻射性器械拍X线片，可以明确穿孔部位。此外，在X线片上还可以看到，穿孔附近的牙槽骨密度有所降低。