钡餐造影检查虽然是一项非侵入性检查，但仍具有X线辐射、潜在风险以及粪石形成等副作用。
1、X线辐射。钡餐造影检查需要在X线下进行，虽然总体曝光剂量并不多，但仍存在X线辐射的副作用。
2、潜在风险。如果患者存在呛咳、消化道梗阻或胃肠道穿孔，进行钡餐造影检查可能会有一定的潜在风险。此类患者应选用水溶性的有机碘类造影剂进行上消化道造影检查，规避风险。
3、粪石形成。医用硫酸钡不溶于水，如果在胃肠道内长时间积聚，可能会形成粪石。因此，对怀疑存在消化道梗阻或不全肠梗阻的患者，在进行钡餐造影检查后，需缓解梗阻，并进行通便治疗。
