输卵管囊肿的治疗方法主要有以下两个方面：

1、如果输卵管囊肿非常小，且患者没有明显的临床症状，可以先观察或者进行保守治疗，如抗生素治疗，或者使用具有消炎作用的中成药进行治疗等，使囊肿变小或者消失。

2、如果输卵管囊肿比较大，且患者有相应的临床症状，就需要进行手术治疗，如输卵管切除，或者分离周围粘连，进行输卵管成形术等。

输卵管本身结构形成的囊肿非常少见，相对比较常见的是输卵管系膜囊肿。如果炎症导致输卵管伞端闭锁，造成输卵管积水或者积脓，当炎症反应消退后，脓液被组织吸收，最后就会形成输卵管囊肿。部分患者是由于炎症同时侵袭输卵管和卵巢而形成的输卵管卵巢囊肿。因此，如果有输卵管囊肿，要及时去医院就诊，积极治疗。