绒毛穿刺和羊水穿刺的区别主要在于二者操作的孕周以及检查意义不同。
1、操作的孕周不同：绒毛穿刺一般在早孕期进行，此时绒毛与底蜕膜之间的结合比较松散，容易通过负压吸引把绒毛吸出来，而怀孕14周后绒毛已经是胎盘的一部分，与子宫之间的连接比较紧密，容易导致手术失败。而羊水穿刺又称羊膜腔穿刺术，主要在中孕期16~23周进行，此时的羊水量相对较多，容易成功，将得到的羊水中的胎儿细胞进行培养或一些分子遗传学检测，就可以判断胎儿的染色体和基因有无异常。
2、检查意义不同：虽然绒毛穿刺和羊水穿刺都属于产前诊断的技术手段，都可检测胎儿的染色体和基因。但因羊水穿刺获取的羊水中还含有一些代谢产物以及病毒，所以还可排查一些代谢病以及巨细胞病毒感染等问题。