肾囊肿无法用药物消除，通常药物仅作为对症治疗的手段，若发生严重症状时，大多以手术治疗为主。
常用药物如下：
1，抗感染药物：在检查确定囊肿合并感染情况时，可酌情使用抗生素治疗，有时可根据细菌培养和药敏试验结果，选择具有针对性的药物进行治疗。常用青霉素类、头孢菌素类和喹诺酮类等抗生素，包括阿莫西林、氨苄西林、头孢曲松、头孢呋辛、左氧氟沙星等。注意喹诺酮类药物不宜用于儿童及孕妇患者。必要时可多种药物联合应用。
2，降压药物：部分患者可能会出现高血压症状，可选择血管紧张素转换酶抑制剂进行降压，常用有卡托普利、依那普利等，同时也要注意钠盐的摄入。
3，利尿药物：存在水肿时，医生可能会使用呋塞米、托拉塞米等利尿剂进行治疗。
一般若囊肿较小，且无不适症状时，无需治疗，以观察为主；若合并感染或出现水肿等症状时，可使用药物缓解症状，药物治疗时，患者要严格遵循医嘱，正确用药，避免不良情况发生。但对于体积大，且不断增大甚至怀疑有恶变的囊肿，主要以手术切除治疗为主。
