膀胱冲洗可能会有并发症，主要是可能会造成菌血症甚至脓毒败血症。

通常，只要带尿管就会有感染，而超过一周就一定有感染，但若膀胱中压力是低的，这种感染就不会对人体造成影响，而是随着尿液排出体外。但是，如果进行膀胱冲洗，且膀胱冲洗量过大或过猛，造成了膀胱的压力上升，就可能使膀胱中的细菌通过膀胱黏膜被吸收入血，造成急性的菌血症，如果控制不好，甚至会造成脓毒败血症。

综上，如果是长期携带尿管的患者为了减少尿管分泌物、保证尿管通畅而自行进行的膀胱冲洗，通常是非常危险的。因此，患者需要注意避免自行操作。