引起腭咽闭合不全的原因主要有以下三个方面：

1、如果存在解剖异常，比如腭裂、软腭发育不足、扁桃体过大等，就可能会引起腭咽闭合不全。

2、神经肌肉发育异常、外源性因素、医源性因素等，都可能会导致软腭的运动能力不足，从而引起腭咽闭合不全。

3、腭咽闭合需要整个腭咽部的肌肉协调运动，如果患者存在不良的发音习惯，就可能会导致肌肉运动不协调，从而引起腭咽闭合不全。

需要注意的是，部分综合征性腭裂的患儿，可能同时存在上述三类因素，即患儿同时存在软腭结构解剖条件不足、肌肉运动能力不足、不良发音习惯等，此时就需要根据不同的原因，选择相应的治疗方法，以使患儿获得良好的治疗效果。