小儿肠胃康颗粒具有清热平肝、调理脾胃的功效，一般用于治疗小儿营养紊乱所引起的食欲不振、面色无华、精神烦忧、夜寝哭啼、腹泻腹胀。以下为本品的合用禁忌：
一、影响药物有效性：
本品含盐酸小檗碱，与酶制剂（胃蛋白酶、乳酶生、胰酶、多酶片、淀粉酶）、金属盐类（碳酸钙、氯化钾、硫酸亚铁、次碳酸铋、枸橼酸铁铵糖浆等）、碘及碘化物（碘化钾、碘化钠、碘喉片）合用会生成难溶物而影响药效，因此本品应避免与上述药物合用。
二、影响用药安全性：
1、本品中赤芍、党参与藜芦属于中药“十八反”的合用禁忌范畴，患者应避免与含有藜芦的中成药合用，如三七血伤宁胶囊、神州跌打丸等。
2、本品含甘草，与海藻、大戟、甘遂、芫花属于中药“十八反”的合用禁忌范畴，患者应避免与含有这些药物的中成药合用，如乳癖消片、祛痰止咳颗粒、宫炎康颗粒等。
小儿肠胃康颗粒与其它药物也可能会发生药物相互作用，影响药效或出现药物毒副作用，因此为保证用药安全，患者使用本品期间若需要合用其它药物，请先咨询医生。