功能性消化不良可能会自愈，但有复发的可能。功能性消化不良是一种功能性的疾病，与患者的全身状态有关，所以在某些情况下，患者的不适症状可能会消失，且在进食后也不会出现不适症状，此时患者便达到自愈。但是，如果在功能性消化不良自愈后，又出现了相关的诱因，比如突然出现了应激事件、胃部出现了刺激性食物、胃酸过多、再次感染幽门螺杆菌等，都可能再次影响患者胃部的运动以及感觉，从而导致患者再次出现功能性消化不良的症状。
临床上，功能性消化不良是功能性胃肠病中，最常见的疾病之一，通过胃镜等影像学检查，或者抽血化验等生理检查，一般不会发现患者存在器质性病变，但患者通常会出现胃部不适等上消化道的症状。通常情况下，功能性消化不良患者突出的表现，就是上腹出现腹胀、腹痛、烧灼感等症状，并伴有早饱、打嗝、嗳气等症状。