炎症性肠病的病因目前尚未明确，可能与免疫因素、遗传因素等有关。

1、免疫因素：炎症性肠病多与肠道异常免疫有关。通常免疫细胞应该攻击外来的细菌、病毒等，而肠道免疫出现异常后，免疫细胞就会攻击正常的肠道黏膜，从而形成炎症和溃疡。因此，溃疡性结肠炎患者会出现一些腹泻、黏液脓血便等；而克罗恩病患者会出现全肠壁的炎症、穿孔、肠瘘甚至梗阻等，并且患者腹泻、腹痛的症状比较明显。

2、遗传因素：有证据表明，无论是溃疡性结肠炎，还是克罗恩病，都存在一定的遗传因素，即若家族中有炎症性肠病，则患者发病的机会就会增高。

3、其他：炎症性肠病还可能与饮食（如进食过多西餐等）、生活环境（工业化城市中发病率较高）、精神紧张、压力较大或者肠道菌群失调等有一定的关系。