巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理类型，主要表现为盆腔疼痛、月经异常和不孕。
治疗巧克力囊肿的药物主要包括：
1，非甾体类抗炎药：是一类不含糖皮质激素的抗炎、解热、镇痛药物，主要作用机制是通过抑制前列腺素的合成，减轻疼痛。副作用主要为胃肠道反应，偶有肝肾功能异常。长期应用要警惕胃溃疡的可能。
2，口服避孕药：是最早用于治疗本病的激素类药物，其目的是降低垂体促性腺激素水平，并直接作用于子宫内膜和异位内膜，导致内膜萎缩和经量减少。长期连续服用造成类似妊娠的人工闭经，称“假孕疗法”。副作用主要有恶心、呕吐，并警惕血栓形成风险。
3，孕激素：通过抑制垂体促性腺激素分泌，造成无周期性的低雌激素状态，并与内源性雌激素共同作用，造成高孕激素性闭经和内膜蜕膜化形成假孕。常用药物有甲羟孕酮。副作用有恶心、轻度抑郁、水钠潴留、体重增加及阴道不规则点滴出血等。患者在停药数月后痛经缓解，月经恢复。
4，孕激素受体拮抗剂：米非司酮与子宫孕酮受体的亲和力是孕酮的5倍，具有强抗孕激素作用，造成闭经使病灶萎缩。副作用轻，无雌激素样影响，亦无骨质丢失危险，长期疗效有待证实。
5，孕三烯酮：有抗孕激素、中度抗雌激素和抗性腺效应，也是一种假绝经疗法。孕三烯酮与达那唑相比，疗效相近，但副作用较小，对肝功能影响较小且可逆，且用药量少、方便。
6，达那唑：抑制卵泡生成素、黄体生成素峰，抑制卵巢合成甾体激素，导致子宫内膜萎缩，出现闭经。副作用有恶心、头痛、潮热、乳房缩小、体重增加、性欲减退、多毛、痤疮、皮脂增加、肌痛性痉挛等，一般能耐受。药物主要在肝脏代谢，已有肝功能损害不宜使用，也不适用于高血压、心力衰竭、肾功能不全者。
7，促性腺激素释放激素激动剂：可使卵巢激素水平明显下降，出现暂时性闭经，此疗法又称“药物性卵巢切除"。目前常用的药物有亮丙瑞林、戈舍瑞林。副作用主要有潮热、阴道干燥、性欲减退和骨质丢失等绝经症状，停药后多可消失。但骨质丢需1年才能逐渐恢复正常。
出现巧克力囊肿相关症状者，应及时到医院就诊。如果药物治疗后症状不缓解，或局部病变加剧，或卵巢内膜异位囊肿较大，需采用手术治疗。
