牙槽突裂的形成要从胚胎发育的起源上看，其胚胎起源与上唇的胚胎起源一致，在胚胎发育过程中，如果因为遗传因素、环境因素，或者遗传和环境因素相叠加，可能会导致上颌突和球状突的融合发生障碍，之后就会形成缺损，可以出现完全性的缺损，包括牙槽突中断，导致口鼻腔瘘。
牙槽突裂就是牙槽突的连续性的骨质的缺损，而牙槽突就是上下颌骨支持牙齿的一个骨性的组织。由于牙槽突裂的本质是牙槽突发生了骨性的连续中断，行X线检查可以观察到牙槽突裂呈倒三角形的锥形缺损，骨缺损量约为3~5mL，因此其治疗以植骨手术修复为主，目前常用的供骨源，一般是自身髂骨的骨松质。
通过手术修复后，能够恢复牙槽突的完整性，然后再进行正畸治疗，将裂隙附近歪斜的牙齿排齐，以恢复正常咬合。