小颌畸形综合征的病因比较多，但是对于每个患儿来说很难有一个明确的原因。

临床上该病的病因主要包括物理环境因素（如羊水过少）和化学环境因素，还包括染色体异常以及基因突变等，内源性地导致了下颌骨的生长发育不足，或者神经性肌张力下降导致下颌骨运动不足、生长缓慢，从而最终导致下颌骨偏小。同时，舌头在发育中自然的位置后移（即舌后坠），也会阻碍上颚的腭突上抬，从而容易形成腭裂。

需要注意的是，这类综合征有很多种，与小下颌有关的大概有五十多种，主要包括皮罗序列征、Stickler综合征、腭心面综合征、Treacher-Collins综合征以及歌舞伎、胎儿酒精综合征等。其中最知名的是皮罗序列征，该病主要的问题是呼吸困难以及喂养困难，且将近1/3的患者可能出现喉骨软化等表现。但是，随着医学的发展，小颌畸形综合征多数是可以治好的，并且预后良好，患者无需过多地担心。