小颌畸形综合征的主要危害就是小下颌引起的呼吸道梗阻，在重度的患儿中，比如在婴儿早期可以发生死亡，并且发生率非常高。另外，该病还会继发一些呼吸道的异常，比如咽部松弛、呼吸道塌陷、喉骨软化等，甚至可能继发中枢性的呼吸障碍。

此外，部分患儿会出现舌后坠，从而引起吞咽困难、喂养不便，甚至难以进行经口腔的喂养，需要鼻饲饮食。且存在舌后坠的患儿会伴有腭裂，如果不及时治疗，就会影响患儿的语音功能，还可出现语言发育障碍和全身发育迟缓。

需要注意的是，随着医学的发展，小颌畸形综合征多数是可以治好的，并且预后良好，尽管有些患儿伴发腭裂，但通过腭裂的手术修复，其语音功能是可以完全正常的。即使是一些少数的重症患儿，在经过积极的新生儿期的护理、喂养，加上目前可以积极地开展一些下颌骨的牵引延长，通常可以很快地改善患儿的呼吸通气功能，其治疗的预后都是相当不错的。