正常人的肠道内存在数量庞大的细菌，通常肠道内各菌相互依存、相互制约，处于动态平衡，如果受到外界因素的影响，平衡状态被打破，则可导致肠道菌群失调。引起肠道菌群失调的因素包括：
1、抗生素、抑酸剂等药物的应用。长期应用抗生素，可导致肠道内对抗生素敏感的菌群减少，耐药菌过度繁殖，进而导致菌群失调；此外，具有抑制胃酸作用的PPI（质子泵抑制剂）等药物，也会引起肠道菌群失调。
2、进食不洁食物。当进食不干净的食物以后，一些有害菌群会随食物进入肠道内，继而打破正常菌群的平衡，引起肠道菌群失调。
3、饮食结构的改变。不同地域的饮食习惯不同，由于外出旅游等原因，导致饮食习惯发生改变，可能会破坏肠道菌群平衡，引起腹泻等症状。
4、其他。肠道内炎症、睡眠习惯的改变等，也可能会引起肠道菌群失调。
