一般情况下，主要是通过相关症状来判断是否存在肠道菌群失调。如果患者出现大便习惯改变、腹部相关症状，而且具备引起肠道菌群失调的相关因素，通常就可以判断存在肠道菌群失调的情况。

此外，临床有时还可能会通过检查粪便里球菌与杆菌的比例是否发生变化，进而判断是否发生肠道菌群失调，但由于肠道球菌与杆菌的比例呈动态改变，所以这种检查方法并不十分准确，临床也较少应用。另外，还可以通过高通量的分析，判断大便里每一种细菌含量是否有改变，从而了解有无肠道菌群失调，但这种方法目前仅限于科研时应用。

怀疑发生肠道菌群失调，建议患者及时去医院消化内科就诊，并在专业医生指导下进行相应检查，以明确诊断。