健康肠道内菌群的种类繁多，并且会随着地域、国家、人群的不同而有所不同。肠道菌群失调会引起菌群的多样性下降、益生菌种类减少，从而导致肠道疾病的发生。肠道菌群失调的治疗方法主要包括病因治疗和药物治疗。

1、病因治疗。去除病因，以帮助恢复健康菌群。如果是应用抗生素引起的肠道菌群失调，应停用原抗生素，更换合适的抗生素；如果是饮食习惯改变引起的肠道菌群失调，应恢复原来的饮食习惯。

2、药物治疗。又称益生菌治疗，肠道益生菌类药物种类繁多，最常见为双歧杆菌、乳酸杆菌、枯草杆菌、酪酸梭菌，均具有较好的治疗效果。此外，进食含益生菌的保健品、酸奶等，对改善肠道菌群失调也有一定帮助。